Одним из важнейших направлений работы музея стала издательская деятельность.
Первой ласточкой стало издание к 40-летию района фундаментального труда «Хлебный, целебный, лесной… Заводоуковский район: люди, события, факты», в котором обобщены и систематизированы плоды многолетних трудов заводоуковской краеведческой общественности. В 2010 году увидела свет книга воспоминаний выпускника 1944 г. 1 МСШ ВВС Л. С. Михайлова «Жития не святых». В ней однокашник В. М. Комарова делится воспоминаниями о суровых годах войны и эвакуации: «Я с полным основанием называю нашу жизнь и работу в Заводоуковске "битвой", потому что вся наша жизнь там проходила в постоянном напряжении из-за переживаемых всей страной невзгод военного времени. В учёбе, в труде и даже в отдыхе нашем тогда чувствовалась жесткая целенаправленность на Победу нашей страны в этой войне».
Настоящей находкой для Заводоуковского краеведческого музея был альбом, переданный нам Е. П. Курковым. Будучи курсантом 1 МСШ ВВС, он запечатлел жизнь и быт своих однокашников в далёком тыловом посёлке. Благодаря Евгению Петровичу мы можем увидеть военный Заводоуковск. В 2009 году работы Е. П. Куркова были изданы в виде альбома «Здесь крылья жизни родились»
Библиографической редкостью уже стал набор открыток «Город старый – город новый». Где ещё можно увидеть, как растёт, хорошеет, меняется наш динамично развивающийся город. Этот набор был издан в 2009 году, но за два прошедших года некоторые уголки Заводоуковска претерпели такие изменения, что впору выпускать новый.
Ежегодно издаются сборники докладов и сообщений краеведческой конференции «Наше наследие».
Заводоуковский краеведческий музей в своей исследовательской работе не «варится в собственном соку», оставаясь в стороне от научной жизни области и страны, наоборот, стремится открыть широкому кругу читателей результаты своей работы, в том числе путём издания сборников материалов краеведческой конференции «Наше наследие».